Se encuentra ubicado entre las calles 9 de Julio, Ugarte, Castelli y Camino Sesquicentenario. En las salas del Museo se pueden observar restos fósiles, rocas, minerales, herbarios y expresiones artesanales de culturas primitivas. Además de observar estos objetos se obtiene una explicación acerca de ellos, y cual es la utilidad que cada uno encierra. El Museo cuenta con una publicación: La Revista del Museo. Allí se vuelcan los resultados de campañas destinadas a la búsqueda de nuevos materiales, además de la información adicional de cada muestra. Otro lugar de interés, dentro del Museo, es la Biblioteca, que cuenta con numerosas publicaciones científicas y un importante material audiovisual. La actividad educativa del Museo consiste en visitas guiadas, preparadas acorde al nivel de los educandos, donde reciben el material necesario para trabajar en la modalidad aula-taller.